Enregistrer une sortie R dans un fichier

La fonction capture.output()

Pour enregistrer le contenu d’une sortie R dans un fichier externe, on peut utiliser la fonction capture.output(). Cette fonction prend comme arguments, le nom de l’objet contenant la sortie à sauvegarder, le nom du fichier extérieur (file=).

formatR::usage(capture.output)

## capture.output(..., file = NULL, append = FALSE,
##     type = c("output", "message"), split = FALSE)

On veut enregistrer le contenu d’une partie du tableau R dans le fichier iris.txt:

data(iris)
output <- head(iris)
capture.output(output, file = "iris.txt")

# ou directement capture.output(head(iris), file='Essai.txt')

Le fichier iris.txt contient le résultat de l’instruction, à savoir les premières lignes du tableau iris.

  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa 

Les objets à capturer peuvent être plus compliqués; par exemple les sorties de fonctions statistiques:

iris.lm <- lm(Sepal.Length ~ Species, data = iris)
capture.output(iris.lm, file = "Anova.txt")

On obtient un fichier Anova.txt qui contient:

Call:
lm(formula = Sepal.Length ~ Species, data = iris)

Coefficients:
      (Intercept)  Speciesversicolor   Speciesvirginica  
            5.006              0.930              1.582  

On peut compléter le contenu de ce fichier en utilisant l’argument append=TRUE:

output <- summary(iris.lm)
capture.output(output, file = "Anova.txt", append = TRUE)

Le fichier Anova.txt contient maintenant les 2 sorties affichées par les fonctions print() et summary()

Call:
lm(formula = Sepal.Length ~ Species, data = iris)

Coefficients:
      (Intercept)  Speciesversicolor   Speciesvirginica  
            5.006              0.930              1.582  


Call:
lm(formula = Sepal.Length ~ Species, data = iris)

Residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-1.6880 -0.3285 -0.0060  0.3120  1.3120 

Coefficients:
                  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)         5.0060     0.0728  68.762  < 2e-16 ***
Speciesversicolor   0.9300     0.1030   9.033 8.77e-16 ***
Speciesvirginica    1.5820     0.1030  15.366  < 2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 0.5148 on 147 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.6187,    Adjusted R-squared:  0.6135 
F-statistic: 119.3 on 2 and 147 DF,  p-value: < 2.2e-16

La fonction sink()

La fonction sink() redirige l’affichage de la console R vers un fichier.

formatR::usage(sink)

## sink(file = NULL, append = FALSE, type = c("output", "message"),
##     split = FALSE)

Exemple:

data(iris)
sink(file = "Console.txt")
head(iris)
iris.lm <- lm(Sepal.Length ~ Species, data = iris)
iris.lm
summary(iris.lm)
sink()

On obtient le fichier suivant.

  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

Call:
lm(formula = Sepal.Length ~ Species, data = iris)

Coefficients:
      (Intercept)  Speciesversicolor   Speciesvirginica  
            5.006              0.930              1.582  


Call:
lm(formula = Sepal.Length ~ Species, data = iris)

Residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-1.6880 -0.3285 -0.0060  0.3120  1.3120 

Coefficients:
                  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)         5.0060     0.0728  68.762  < 2e-16 ***
Speciesversicolor   0.9300     0.1030   9.033 8.77e-16 ***
Speciesvirginica    1.5820     0.1030  15.366  < 2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 0.5148 on 147 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.6187,  Adjusted R-squared:  0.6135 
F-statistic: 119.3 on 2 and 147 DF,  p-value: < 2.2e-16

Comme les sorties sont redirigées vers un fichier, on ne les visualise plus dans la console de R.