MSE via Docker

Utilisation d'une image Docker contenant MSE

L'image ob13:mse sur Dockerhub permet d'accéder à MSE.

Installation de MSE

Il est nécessaire d'installer Docker sur votre machine.

Lancer un 'container' Docker contenant MSE depuis Linux

La commande ci-dessous a pour effet de lancer un 'container' Docker contenant l'environnement MSE. Le répertoire /home/usermse doit être créé sur votre machine et sera visible dans le 'container'.

sudo docker run -it --rm -e DISPLAY=$DISPLAY -e QT_X11_NO_MITSHM=1 -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix:rw -v /home/usermse:/home/usermse/host/ -w /home/usermse ob13/mse:1.5

Remarque: Cette commande cherche aussi a connecter le graphique de votre station à l'environnement MSE. Pour l'instant, cette fonctionnalité ne fonctionne pas si votre station est munie d'une accélération graphique. Dans ce cas, la visualisation des simulations ne pourra se faire que depuis votre station, par exemple en installant Paraview. Pour s'assurer que le conteneur pourra ouvrir une fenêtre graphique, exécuter la commande 'xhost +' sur votre machine.

Lancer un 'container' Docker contenant MSE depuis Windows

Dans Docker, dans settings/Shared Drives : cocher votre disque C.

Puis, dans une invite de commande (en mode administrateur), lancer :

docker run -it  -v  c:/Users/dossierlocalpourMSE:/home/usermse/host ob13/mse:1.5 

En option : pour visualiser les résultats, installer un viewer VTK (par exemple : Paraview https://www.paraview.org/download/).

Utilisation de MSE

Lancer l'interface de MSE

Il suffit de taper la commande suivante:

>MSE

Cela doit avoir pour effet de faire apparaître la fenêtre suivante:

mse acceuil

Lancer le tutoriel 'grippe'

Se placer dans le réperoire "/opt/build/MSE/Tutorial/GRIPPE/" :
>cd /opt/build/MSE/Tutorial/GRIPPE/
Lancer le script python manipulant MSE :
>python grippe.py
Se placer dans le répertoire de travail :
>cd /home/usermse/GRIPPE
Lancer le simulateur :
>FreeFem++-nw main.edp     (un fichier mesure.txt doit contenir la valeur de la fonction objectif)
Lancer l'optimisation :
>optim    (après quelques minutes, le fichier trajOptim0.txt contient la trajectoire des paramètres vers l'optimum obtenu)

Vers votre application

Le plus simple est de vous inspirer d'un tutoriel vous semblant proche de votre étude. L'interface de MSE est très utile pour construire un premier jet de simulateur, qui pourra ensuite être maintenue en python. Localiser votre répertoire de travail dans le répertoire /home/usermse/host/votreetude qui fait le lien avec votre station de travail. Dans tout les cas, vous pouvez aussi nous contacter.