COVID-19 : Gagnerons-nous la 4ème bataille ?

COVID-19 : Gagnerons-nous la 4ème bataille ?
 
Samuel Soubeyrand et Lionel Roques - Directeurs de Recherche à INRAE - Unité de Recherche Biostatistique et Processus Spatiaux
6 juin 2020
 
Décembre 2019, des personnes en France, en nombre relativement réduit, sont atteintes par un mal dont les symptômes sont à la croisée de ceux causés par une grippe et une pneumonie. Certaines sont hospitalisées et sont soignées [comme le patient de Bondy]. L'avenir nous dira si d'autres en sont mortes. Ce signal, de faible bruit, n'a pas été détecté par les mécanismes de l'épidémio-surveillance en France. L'alerte sanitaire que la Chine aurait pu émettre à l'époque aurait certainement permis de déceler cette maladie émergente désormais connue de tout un chacun sous l'appellation COVID-19. Cette première bataille, celle de la détection précoce, a été perdue, en France comme à l'international. La gagner nous aurait permis d'anticiper l'épidémie, d'adapter les plans d'action et de lutte sanitaires, ou encore d'initier des recherches cliniques spécifiques au SARS-CoV-2.
 
L'échelle des populations, par opposition à l’échelle individuelle à laquelle travaille typiquement le médecin soignant, offre un angle de vue intégrateur sur l'épidémie de COVID-19. Elle inclut en effet les nombreux processus sous-jacents à la dynamique de l'épidémie et de son contrôle. Elle permet de comprendre les inerties intrinsèques à cette dynamique, dynamique qui garde en mémoire ses états antérieurs, nos actions inadaptées et nos défauts de réaction. Elle permet d’appréhender comment l'exploitation des milieux et de la faune sauvages expliquent vraisemblablement la présence des coronavirus parmi les pathogènes phares de ce début de siècle [note et synthèse de la FRB]. Cette exploitation est une des données initiales de la partie qui se joue depuis l'émergence et l'installation de SARS-Cov-2 dans la population humaine.
 
La Chine, premier épicentre de la maladie, a donné l'alerte alors que le signal épidémique était déjà soutenu. L'Organisation Mondiale de la Santé a tardé à attribuer le statut symbolique de pandémie à la dynamique de COVID-19. Pendant que le pathogène colonisait notre monde hyper-connecté et générait de multiples foyers dans de nombreux pays, l'excès de confiance de certains états occidentaux sur leurs capacités à soigner les individus les a détournés des mesures de protection sanitaire des populations et de surveillance massive du pathogène. En France, le taux de reproduction efficace de l'épidémie se situait autour de la valeur 3 (en moyenne un individu contagieux transmettait le virus à 3 individus [Roques et al, 2020a]) et de nombreuses structures hospitalières approchaient le point de rupture. La deuxième bataille, celle de l'endiguement de l'épidémie, a été perdue en métropole, et le confinement décrété le 17 mars 2020.
 
Une nouvelle manche a alors débuté, avec un ordre de grandeur de 40 000 individus contagieux [Roques et al, 2020b] répartis de manière hétérogène sur le territoire. L'inertie de la dynamique épidémique s'exprimait pleinement dans le Grand-Est et la région parisienne où les décès s'accumulaient malgré le confinement. En effet, durant les premiers jours du confinement, les contaminations pouvaient se poursuivre au sein des familles, des EHPAD et des petits réseaux sociaux restant actifs. Pourtant, à partir du mois d’avril la circulation du virus au niveau populationnel était fortement freinée, le taux de reproduction efficace passant de la valeur 3 à la valeur 0.5 [Roques et al, 2020b ; Salje et al, 2020] (une valeur inférieure à 1 de manière permanente devant conduire à l'extinction de l'épidémie). Nous avons gagné la troisième bataille, celle du ralentissement des transmissions. Malgré ce ralentissement, la barre des 25 000 décès enregistrés a été dépassée début mai [Santé Publique France].
 
La quatrième manche, celle du dé-confinement, est désormais entamée. Elle a commencé avec pour données initiales : un ordre de grandeur de 160 000 individus contagieux et, possiblement, 95% de la population encore susceptible (entre 3 et 7% des Français ont été infectés [Roques et al, 2020b ; Salje et al, 2020]). Ainsi, nous faisons face à un potentiel de contagion important et nous sommes très loin de l'immunité de groupe qui pourrait être assurée avec environ 50 millions d'individus résistants au pathogène en France [Ferguson et al, 2020]. Nous sommes donc dans des conditions très proches de celles du début du confinement, avec toutefois des barrières à la propagation du pathogène du fait des foyers déjà contaminés : une immunité de groupe “locale” a en effet pu apparaître, à l’échelle d’une résidence, d’un EHPAD ou encore d’une ville (à titre d’exemple, des tests sérologiques ont montré un taux d’attaque de 41% au Lycée Jean-Monnet de Crépy-en-Valois). Il est donc essentiel, pour maintenir un taux de reproduction efficace en-dessous de la valeur 1 ou très légèrement au-dessus, de compenser la reprise progressive des interactions sociales par l’usage généralisé des protections individuelles (port du masque et autres gestes barrières), par la limitation des interactions et des déplacements, mais aussi par la détection la plus précoce possible des nouveaux cas, une détection plus ambitieuse que la seule surveillance des individus ayant été en contact avec des personnes symptomatiques. 
 
Une aide extérieure pourrait nous permettre de gagner du temps lors de la quatrième bataille, celle d'un possible effet négatif du climat estival sur la propagation du coronavirus [Demongeot et al, 2020]. Le cas échéant, une épidémio-surveillance efficace et la reprise sérieuse de la distanciation sociale vraisemblablement atténuée durant l’été seront cependant nécessaires lors du retour de l'automne. L'issue de la quatrième manche est incertaine. Sa durée également : elle dépendra de la diffusion de masse d’une thérapie ou d’une vaccination performante.
 
Ressources :
Page BioSP : https://informatique-mia.inrae.fr/biosp/COVID-19
Page INRAE : https://www.inrae.fr/covid-19