Logiciel

 

Pour chaque logiciel ou version différente de logiciel  il est nécessaire de définir un environnement de  travail :

Il existe 3 possibilités:

  • Le comportement par défaut est de ne rien toucher et d'utiliser un ensemble de logiciels définit par le comité de pilotage du cluster.(attention néanmoins à ne pas  modifier son environnement de travail dans son ~/.bashrc ou ~/.bash_profile).
  • L'utilisateur peut définir lui même son environnement: Il faut donc au préalable définir le chemin d'exécution, chemin des library et header, les variables d'environnement nécessaires à son exécution, les programmes dont il dépend (possédant eux aussi leurs variables)
  • Sinon l'utilisateur a la possibilité de choisir un logiciel et une version de logiciel sans avoir aucune configuration à faire grâce aux modules.(Recommandé)

Les logiciels suivant sont chargés par défaut au démarrage:
gdal
geos
jags
proj
openmpi
R(avec plus de 800 packages préinstallés) 
A noter leur version par défaut est celle définie par le comité de pilotage.

Pour utiliser un logiciel spécifique vous pouvez décharger toutes les configurations des logiciels par défauts avec la commande module purge, puis charger la bonne configuration pour  votre logiciel avec la commande

module load monlogiciel

ou

ml monlogiciel

pour connaitre les versions utilisées vous pouvez taper la commande

ml

A noter: Aucun logiciel n'est installé sur le serveur maitre même si vous obtenez un  résultat du type

Currently Loaded Modules:
  1) proj/7.0.1   3) gdal/3.1.0      5) R/4.0.0      7) matlab/2018a
  2) geos/3.9.0   4) openmpi/4.0.3   6) jags/4.3.0

cet environnement sera chargé par défaut lorsque vous effectuez un srun ou sbatch

Pour connaitre la liste des logiciels disponibles et  en savoir plus sur les modules se rendre sur la page modules